Sorry für die späte Antwort…
In Basel gibts aktuell:
– Atlantis Records (neu: Steinenbachgässlein, Parallelstraße zur Steinenvorstadt/www.atlantisrecords.ch)
– Schmocki’s Ohrwurmoase (Gundeli, nähe Bahnhof SBB/www.ohrwurm-oase.ch)
– Plattfon (Kleinbasel/www.plattfon.ch)
– Hammersounds (Allschwil/www.hammersounds.ch)
– Elch Records (Kleinbasel/www.elchrecords.ch)
– Flohmarkt Petersplatz
+ diverse Brockenstuben
Lörrach:
– Indiepunk Records (www.indiepunk.de)
– Sounds
– Undercover (www.undercover-music.de)
Sounds und Undercover sind nicht mehr am ursprünglichen Standort, hier am besten mal auf dem Stadtplan gucken!
Meine Einschätzung:
Atlantis: Viel Auswahl, wenn auch nicht alles im besten Zustand – muss man halt genau schauen. Die Preise sind meist im Rahmen (für CH), man kann aber auch handeln bzw. es gibt Mengenrabatt. Der Inhaber ist ein „Original“ und etwas eigen (um es mal so zu sagen), davon sollte man sich aber nicht abschrecken lassen.
Ich hab schon einige schöne Sachen dort gefunden, quer durch alle Stilrichtungen.
Schmocki: Auch ein schönes Angebot, die Preise sind sehr unterschiedlich, man kann aber mit etwas Glück wirklich gute Sachen zu fairen Preisen finden. Wobei ich dort fast nur noch die Platten anschaue, auf denen schon ein Preis klebt. Wie Skylord angemerkt hat, ist das ziemlich unangenehm sonst: Klar zeichnen auch sonst nicht alle Läden alle Platten sofort aus, auch im Atlantis Records muss man öfters den Preis erst ausdiskutieren. Aber bei Schmocki läuft das dann so, dass man sich eine schöne Auswahl zusammengesucht hat (oft stundenlang durch viele Kisten gewühlt) und dann schaut er bei Discogs nach und wählt in der Regel einen Preis aus dem oberen Viertel. Der mag u.U. angemessen sein, aber ich mag es lieber, wenn ich gleich weiß, was eine Platte kostet, als wie wenn ich das Gefühl habe, dass mein Interesse an einer Platte den Preis nach oben treibt, selbst wenn es eher unbekannte Sachen waren, die schwer zu verkaufen sind (und nun auch noch immer dort im Laden stehen).
– Plattfon: Fast nur neue Sachen, dazu viele Bücher. Preise für CH wohl okay, aber für mich dadurch eher uninteressant. Aber nette Leute und vom Ambiente her sicher der modernste, „aufgeräumteste“ Laden.
– Hammersounds: Sehr großes Angebot quer durch alle Stilrichtungen. Preise sehr unterschiedlich, insgesamt meist aber doch eher etwas höher. Man kann aber auch tolle Sachen zu sehr fairen Preisen finden, auch viele eher ausgefallene Sachen. Auch hier sehr nette Leute, es geht aber oft auch etwas „lebhafter“ zu (laute Musik).
Von der Innenstadt aus ohne Umsteigen einfach zu erreichen mit Tram Nr. 6, Haltestelle Lindenplatz.
– Elch Records: Eher klein. Als ich das letzte Mal dort war, waren sie gerade am Umbauen – mal abwarten, wie es inzwischen ist. Sie hatten trotz der kleinen Auswahl einige schöne Platten, aber größtenteils mit ziemlichen Phantasiepreisen, selbst bei Sachen, die ich regelmäßig auf dem Flohmarkt sehe.
– Flohmarkt: Meine zweite Heimat, mehr muss ich dazu nicht sagen… 
Bei den Brockis muss man halt einfach Glück haben. Mal findet man jahrelang nichts und dann ist am selben Tag eine Sammlung reingekommen. Allerdings werden diese Läden auch regelmäßig von Sammlern abgegrast. Ich habe einige Zeit neben dem Bücher-Brocki hinterm Bahnhof SBB gearbeitet und bin dann in der Mittagspause und manchmal am selben Abend noch mal hin. Es kamen viele gute Sachen rein, aber so schnell, wie sie im Regal standen, waren sie auch wieder verkauft (da sehr günstig). Hier warten natürlich auch viele Leute gerade auf 50s/60s-Sachen, da es in der Regel ältere Leute (oder deren Erben) sind, die ihre Sachen dort abgeben, und zwischen viel Klassik, Schlager und Volksmusik tauchen eben schon auch mal tolle Sachen auf…
So – zu Lörrach schreib ich dann morgen was! 
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God save strawberry jam