Wenn du die Musik direkt am am Rechner wiedergibst, ohne Nutzung von AirPlay, sind dann beide Kanäle da?
Wenn ja, dann würde ich als erstes die Steckverbindung (Klinkenstecker) am AirPort Express checken. Aus- und wieder Einstecken (kräftig reindrücken), mal bisschen dran wackeln. Die ist nach meiner Erfahrung etwas fummelig.
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Software ist die ultimative Bürokratie.