IE komplett deinstallieren geht nicht. Da hat Microsoft schon für gesorgt. In seltenen Fällen braucht man ihn auch noch, um Seiten anzuzeigen die eben nur mit dem IE gehen. Beispielsweise, wenn Du von Microsoft ein automatisiertes WinXP-Update saugen willst.
Das mit den IE-PopUps ist in der Tat seltsam. Ich würde zunächst klären, ob die wirklich vom IE kommen. Dazu nach dem PopUp des PopUps mit CTRL-ALT-DEL den Task-Manager starten und schauen, ob sich bei „Anwendungen“ oder „Prozesse“ ein IE-Eintrag findet. Kannst Du mal beschreiben, unter welchen Umständen die PopUps erscheinen (Besuch welcher Seiten, Drücken welcher Buttons?)
--
down by the river i shot my baby