Theoretisch ja. Ich weiß aber nicht, ob es tatsächlich Implementierungen gibt, die solches Eingangsmaterial verarbeiten.
Zur Klarstellung: ALAC und FLAC haben ja nichts mit der Umwandlung von analog nach digital zu tun (bei der Auflösung und Abtastrate festgelegt werden). Es sind nur Verfahren, um die digitalen Daten platzsparend und trotzdem verlustlos zu speichern oder zu übertragen.
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Software ist die ultimative Bürokratie.